Anualmente para las celebraciones del primero y dos de noviembre, día de Todos los Santos y de los Fieles Difuntos se apertura las puertas de las popularmente llamadas “catacumbas” o criptas de la Catedral Metropolitana de la ciudad de Guatemala. Actualmente también se está permitiendo el ingreso el día 26 de abril fecha del aniversario del asesinato de Monseñor Juan Gerardi.
Existen tres ingresos distintos a las criptas, cada una de ellas lleva distinto nombre, dependiendo de su ubicación y de quiénes se encuentran allí enterrados.
En la cripta o panteón de los prelados se encuentran enterrados la mayoría de dignatarios eclesiásticos y su ubicación es justo bajo la Sala Capitular, es decir bajo la Sala del Venerable Cabildo Eclesiástico Metropolitano. En esta cripta se encuentran sepultados dos Arzobispos: Juan Félix de Villegas (+ 1800) y Rafael de la Vara de la Madrid (+ 1809). Así como los obispos: Manuel Julián Rodríguez del Barranco (Obispo de Comayagua, + 1819), Manuel Francisco Barrutia Croquer (Obispo auxiliar de la Arquidiócesis de Guatemala, + 1874), su hermano José María Barrutia Croquer (Obispo auxiliar de la Arquidiócesis de Guatemala, quien consagró la Catedral en 1860, + 1864). Y también, prelados del Cabildo Metropolitano, seis sacerdotes que fueron rectores de la Universidad de San Carlos y otros eclesiásticos. Aquí se encuentra la tumba más antigua que es la del canónigo Antonio Alonso Cortés (+ 1796).
En la cripta bajo la nave de la Epístola se encuentran los restos del Pbro. José María Batres y Nájera, quien fue rector de la Universidad de San Carlos y fungió como gobernador del Arzobispado durante el exilio de Mons. Casaus. Murió en 1838. También está la tumba del Presidente José María Reina Barrios, quien fuera asesinado en 1898 y, debido a las revueltas populares después de su muerte, no pudo ser sepultado en el Cementerio General como estaba programado, por lo que Mons. Casanova le ofreció la tumba que había preparado para él mismo. También están aquí los restos de varios familiares de Mons. Casanova, así como las tumbas del escribano Francisco Gavarrete (+ 1884) y el archivero de la curia Justo Gavarrete (+1873).
En los enterramientos bajo la nave central se encuentran dos destacados arzobispos del siglo XX: Mons. Luis Durou y Suré, originario de Francia. Gran misionero paulino, fue nombrado XIV Arzobispo de Guatemala, así como el querido y recordado Cardenal Mario Casariego y Acevedo, originario de Oviedo, España, y quien llegó a ser sacerdote somasco con la ayuda de Mons. Mariano Rossell y Arellano. Fue precisamente escogido para ser el sucesor de Mons. Rossell; elevado a la dignidad cardenalicia, murió en 1983 después de haber visto al Papa Juan Pablo II por primera vez en Guatemala. También se encuentran los restos de otros prelados como el Dr. Francisco Espinoza y Palacios (+1889) y su hermano Manuel Cecilio Espinoza y Palacios (+ 1868), los canónigos Pedro García (+ 1889) y Manuel González (+1894). Todos ellos fueron gobernadores del arzobispado durante el exilio de Mons. Piñol y Aycinena. Finalmente se puede observar la tumba del Dr. Gonzalo de la Cerda Alejos (+ 1967).
En la cripta de la Sacristía Mayor, se encuentran sepultados dos arzobispos: Mons. Luis Javier Muñoz y Capurón (quien murió en el exilio en 1927 y fue traído a Guatemala en 1945) y el querido y recientemente fallecido Mons. Próspero Penados del Barrio (único arzobispo que pudo entregar la diócesis a su sucesor, permaneciendo como emérito desde 2001 hasta 2005 cuando murió). También están varios obispos auxiliares de la Arquidiócesis: Mons. José Rafael González Estrada (+ 1994) y Mons. Luis Mario Martínez de Lejarza (+ 1980).
Particular atención merece la tumba de Mons. Juan José Gerardi Conedera, quien fuera obispo de las Verapaces, posteriormente de Santa Cruz del Quiché, cuya salida de dicha diócesis fue causada por el conflicto armado interno, auxiliar de la Arquidiócesis de Guatemala. Gran impulsor de la Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado y el Proyecto Interdiocesano para la recuperación de la memoria histórica del conflicto armado interno, Monseñor Gerardi fue brutalmente asesinado el 26 de abril de 1998 y es enterrada en esta cripta.
Finalmente se encuentran aquí también los restos de varios prelados, así como los del Presidente Vitalicio Rafael Carrera (+ 1865) y los del Mariscal de Campo Serapio Cruz (+ 1870).
Las criptas de la capilla de la Virgen del Socorro, de la capilla de la Inmaculada Concepción y el Apóstol Santiago; la cripta de la capilla del Sagrario y la cripta de la Capilla de la Sacristía Mayor, todas estas se encuentran comunicadas por tres grandes bóvedas que corren paralelas y que se encuentran bajo el pasillo central y los pasillos procesionales del templo, la mayoría de las criptas se encuentran ocupadas, aunque algunas no están identificadas y otras carecen de lápidas.
